堆肥发酵菌种的评估主要涉及到以下几个方面：

1、菌种的分离与纯化：这是评估堆肥菌种效果的基础，通过对堆肥样品进行梯度稀释，然后将稀释液涂抹在培养基上进行培养，从而获取到含有特定功能的菌种。

2、菌种的性能测试：包括菌种的耐受性、分解能力、以及对堆肥过程的影响等。比如，有些菌种能够高效地降解特定的物质，如木质素、纤维素等。

3、堆肥过程的观察与分析：包括堆肥过程中的温度、湿度、PH值、养分含量等理化指标的变化，以及堆肥产物的质量等。

4、实际应用效果的评估：如在实际堆肥过程中，添加特定菌种后，堆肥的腐熟情况、效率以及最终产物的质量等。

以上就是评估堆肥发酵菌种效果的一些常用方法，具体选用哪种方法，需要根据实际的堆肥环境和目标来确定。